Japonia przytaczana jest przez środowiska przeciwne szczepieniom jako przykład kraju gdzie szczepienia były realizowane odmiennie w porównaniu do innych krajów.

Japoński program szczepień ochronnych w ostatnim czasie bardzo się rozwinął. Znaczący postęp jest widoczny od 2014 roku kiedy WHO ogłosiła eliminację odry w Japonii (marzec 2014), wprowadzono do powszechnego Programu Szczepień szczepionkę przeciw ospie wietrznej (październik 2015) oraz wprowadzono powszechne szczepienia przeciw wzwB (październik 2016). Ważnym krokiem naprzód było też włączenie do pakietu Programu Szczepień Ochronnych w Japonii szczepień przeciw śwince oraz szczepień przeciw rotawirusom, wcześniej w tym kraju niepodawanych.

W Japonii nie ma obowiązkowych szczepień od 1994 r. Zamiast obowiązku prawnego wprowadzono obowiązek obywatelski, wskazując, że wszyscy obywatele powinni zostać zaszczepieni przeciw takim chorobom jak odra, świnka, różyczka czy tężec.

Japońskie Ministerstwo Zdrowia udostępnia rekomendacje dotyczące obowiązującego Programu Szczepień Ochronnych oraz informacje organizacyjne potrzebne do sprawnej  realizacji programów szczepień.

W praktyce szkoły proszą o podanie historii szczepień dziecka. Pomimo tego, że japońskie Ministerstwo Zdrowia nie przewiduje żadnych kar za nieszczepienie dzieci, odsetki zaszczepionych poszczególnymi szczepionkami są bardzo wysokie i sięgają nawet 100% populacji objętej szczepieniami.