Przypomnijmy na początku, jakie cele i zadania są stawiane współczesnemu laboratorium w wytwórni produktów leczniczych. Przede wszystkim pracownicy laboratorium zajmują się pobieraniem prób materiałów zakupionych z myślą o wytwarzaniu substancji czynnych lub produktów leczniczych, a także prób powstającego wyrobu w trakcie procesu produkcyjnego i wreszcie – prób samego gotowego produktu. Próby te są następnie badane w laboratorium, a uzyskane wyniki stanowią podstawę do wydania orzeczenia o jakości analizowanego materiału, półproduktu i produktu. Orzeczenie to, zawarte w certyfikacie analitycznym badanej serii, jest podstawą do podjęcia kluczowych decyzji w procesie wytwórczym. W przypadku materiałów to decyzja o zwolnieniu (dopuszczeniu) serii do procesu produkcyjnego. W przypadku półproduktów – decyzja o kontynuowaniu procesu. Z kolei w przypadku gotowego produktu leczniczego orzeczenie o jego jakości jest krytycznie ważnym czynnikiem w procedurze zwalniania serii leku do obrotu.

Pobieranie prób materiałów i produktów oraz ich badanie to jednak nie wszystkie zadania laboratorium. Do innych podstawowych należą także badania mediów – wody o określonym stopniu czystości, w niektórych zakładach także pary czystej, sprężonego powietrza lub azotu, w zależności od tego, jakie media są aktywnie wykorzystywane w procesach produkcyjnych. Istotnym obowiązkiem laboratorium są również badania środowiska wytwarzania: czystości powietrza, powierzchni w pomieszczeniach produkcyjnych (przede wszystkim powierzchni krytycznych, czyli tych, które mają bezpośredni kontakt z powstającym produktem) oraz personelu produkcyjnego.

Organizacja pracy laboratorium Dla optymalnego wykonywania obowiązków przez laboratorium, firmy farmaceutyczne zwykle powołują do istnienia kilka głównych rodzajów laboratoriów: na ogół jest wśród nich laboratorium chemiczne (lub fizykochemiczne), w którym wykonuje się badania np. przy użyciu technik HPLC, TLC, UPLC czy badania z wykorzystaniem chromatografii gazowej. Mnogość rodzajów badań i metodologii jest ogromna, wymieniamy zatem jedynie kilka relatywnie najbardziej powszechnych.